В самых отдаленных уголках мира волшебство все еще существует, воплощенное в духах земли, неба и каждом листике диких лесов. Великие европейские державы жадно расширяют свои колониальные империи, и неизбежно будут претендовать на Остров Духов. Остров, где духи все ещё могучи — и тогда сама земля будет сражаться вместе с жителями острова.

Spirit Island — комплексная тематическая кооперативная игра о защите первобытного острова от колонизации захватчиками. Игроки пробуют себя в роли разных духов острова, каждый со своими уникальными стихийными силами. Каждый ход игроки одновременно выбирают, какие из своих карт силы применить, оплачивая их энергией. Комбинируя силы и стихии, соответствующие природе духа, можно получить доступ к его врождённым способностям. Быстрые силы срабатывают до хода захватчиков, а медленные — после, что требует предусмотрительности и планирования при их использовании. В фазу роста духи восполняют энергию и выбирают направление своего роста и развития: вернуть ли использованные карты сил, обучиться ли новой карте или распространить своё присутствие в новые районы острова.

Захватчики расползаются по острову частично предсказуемым образом. Каждый ход они исследуют какую-то часть острова; в следующем ходу они построят на этих землях поселения и города. Через ход после постройки они провоцируют там конфликт, разоряя землю и нападая на местных островитян.

С течением времени духи распространяют своё присутствие на новые части острова и получают новые и более мощные силы, а захватчики, в свою очередь, ускоряются.

В начале игры для победы необходимо полное уничтожение всех пришельцев, но, по мере того как вы ослабляете их боевой дух, победа становится проще: они убегут, даже если останется некоторое количество поселений или городов.

Вы проигрываете, если любой дух уничтожен (нет маркеров присутствия на поле), или остров переполнен загрязнением, или вы не успели выгнать захватчиков, пока не закончилась колода, управляющая их действиями.

В игре есть много режимов и вариаций. К примеру, можно выбрать европейскую страну, приехавшую покорять остров — Англию, Швецию или Пруссию. Каждый противник изменяет правила по-своему, а также предлагает несколько уровней сложности. Сложность игры можно наращивать согласно вашим навыкам.