«Капитан СОНАР» — это инновационная игра в реальном времени, в которой две команды на подводных лодках вступают в захватывающий бой друг с другом. Главная цель — найти и уничтожить вражескую подводную лодку, однако сделать это очень непросто. В игре два режима: пошаговый и в реальном времени. Первый рекомендуется для обучения игре и размеренных партий, а вот второй действительно погрузит игроков в напряжённую морскую гонку.

Изюминкой игры является её ролевая составляющая. У каждого члена экипажа своя уникальная роль и задача. Капитан прокладывает курс, активирует различные системы подлодки, а также управляет её всплытием и погружением. Радист пытается вычислить местоположение вражеской команды, инженер отслеживает поломки судна, а старший помощник следит за готовностью различных систем и обеспечивает коммуникацию между капитаном и инженером. Ключ к победе в этой игре — научиться действовать как одно целое.

Команда, подводная лодка которой получает 4 повреждения, проигрывает. Побеждает выжившая сторона. Лодка может получить повреждения разными способами: в результате торпедного удара, сработавшей мины, поломок в системах управления и даже из-за цепной реакции взорвавшихся в море мин.

В состав базовой игры входит пять сценариев, которые отличаются расположением, количеством и протяжённостью островов, а также наличием особых интерактивных объектов. Всё это делает каждый из них особенным и заставляет пробовать разные стратегии.