Когда вы играете по нормальным правилам (как на 3+ игроков), вы кладёте карту фазы вместе с картой престижа, переворачиваете их и, соответственно, понятно к какой фазе применяется бонус.

По спец. правилам на двоих же, выбираете одну из двух ваших фаз на этот раунд и только к ней применяете бонусы престижа. Каким образом вы будете определять престижную фазу не столь важно. В правилах, в примере, указано, что можно выложить карту престижа и карту одной фазы, а в момент переворота сказать какая фаза (не выложенная) будет "престижной".

Например, в игре с правилами на двоих, я выкладываю фазу Development и карту престижа. Переворачивая их, я говорю: "Освоение". Это означает, что у меня будет две фазы: разработка технологии и освоение планеты с престижем.

P.S.
Как всегда, советую на двоих применять нормальные правила. Ибо это совершенно другая игра, со своей динамикой и тактикой, а не какая-то "специальная" на двоих (как олимпиада).

Добавил ссылку. Смотрите в "файлах и ссылках".