Стратегически игра в DarkStar похожа на шахматы, хотя и с большими отличиями. Ваши ключевые фигуры - это эскадрильи, которые вы перемещаете по полю стопками. Сама доска разделена на системы (которые дают новые возможности) и субсектора (пустое пространство). Эскадрильи перемещаются по полю от клетки к клетке, как в шахматах. По ходу игры звездные врата искривляют пространство и открывают ещё болле изошренные способы моневрировать.

Еще одно большое отличие от шахмат заключается в том, что конфликты разрешаются с помощью тактических карт, которые больше напоминают игру камень-ножницы-бумага. В отличие от шахмат, атакующие фигуры не всегда выигрывают. Кроме того, с помощь карт Имперских Эдиктов, вы множество дополнительных возможностей, как в боях, так и между ними.

Самой разрушительной силой в игре являются антиматериальные ракеты. Вы поэтапно создаете ракеты в своих системах и запускаете их в свой ход, а их взрывы уничтожают все в квадрате и даже сжигают сам квадрат. Именно из—за этих ракет целью игры является сбор кодов, которые позволят активировать древнюю систему защиты.