События игры WunderWaffen разворачиваются в последние годы Второй мировой войны, на фоне Высадки в Нормандии с предстоящей оккупацией Берлина и грядущем поражении немецкой армии. Используя простые правила, игра воссоздает сотрудничество между русскими, британскими и американскими союзниками на последнем этапе войны.

Немецкая армия находится на грани краха, но внутри ее лабораторий разрабатывается новое ужасное оружие, «Вундерваффе», в надежде перевернуть ход безнадежной ситуации.

В ходе игры игроки союзнических сил должны тщательно продумывать свои действия, учитывая необходимость быстрого продвижения к Берлину и ограничения научных исследований немцев.

Игрок за немцев должен будет продвигаться вперед по исследовательской дорожке, пытаясь в то же время вести отчаянную борьбу с прогрессом союзников, чтобы отложить неизбежное поражение как можно дольше. Немцы также могут победить, потеряв Берлин, благодаря системе зачетов, которая вознаграждает расстановку сил на поле.