Phantom Epoch — это полностью кооперативная тактическая игра с ролевыми элементами для 1–4 игроков с кампанией, для продвижения по сюжету которой критичным является выбор игроков. В ней так же сочетаются темы научной фантастики и фэнтези.

В галактике, где секреты межзвездных путешествий утеряны во времени, а первобытные народы ведут войну за древние технологии, игроки вынуждены выполнять миссии, чтобы остановить надвигающуюся угрозу. Проходя миссий на многочисленных планетах с разнообразными биомами, они откроют истинную природу своего врага и получат возможность раскрыть богатую историю мира игры Phantom Epoch.

Широкий выбор персонажей, включая как человеческие, так и инопланетные виды, которые можно комбинировать с разнообразным набором классов, позволяет игрокам создавать и развивать своих собственных персонажей, чтобы они соответствовали их собственному стилю игры. У каждой миссии есть своя карта, цели, враги и испытания. Каждая карта имеет совершенно уникальный макет. Не бывает двух одинаковых миссий, и игрокам придется соответствующим образом корректировать свои стратегии исходя из этого.

Вне миссий игрокам нужно будет собирать ресурсы для ремонта и восстановления функциональности звездолета, который служит их штаб-квартирой. Это откроет возможности для улучшения своих персонажей с помощью улучшенного оборудования, атрибутов и навыков. По мере раскрытия секретов прошлого они будут получать боевые знания в виде ветвящихся продвинутых классов, которые позволят игрокам дополнительно настраивать и усиливать своих персонажей.

Перед миссиями игроки подготавливают свое снаряжение и карты действий, которые они возьмут с собой на миссию. Во время миссии игроки и противники одновременно выбирают карты действий в начале каждого раунда. Выбранные карты определяют порядок хода в раунде. Во время своих ходов игроки и противники по очереди разыгрывают выбранные карты действий. Кампания состоит из более чем 30 миссий и заканчивается, когда сыграна последняя сюжетная миссия. В полностью кооперативной игре игроки вместе выигрывают миссию, выполняя цель миссии, или вместе проигрывают, когда все игроки терпят поражение или цель не выполняется.