В игре каждый игрок начинает с расклада карт размером 4x4 лицевой стороной вниз, далее каждый ход он берет новую карту, чтобы заменить что-то на своем игровом поле.

Aetherya включает в себя три режима игры — соревновательный, кооперативный и соло, а также варианты для игроков с разным уровнем подготовки.