Враги активируются всегда и сбрасываются карты угрозы.

Судя по пункту 7 на стр. 7, в этом случае враги идут ко спрятавшимся персонажам:

"Персонаж на клетке [укрытия] не может стать целью врага с ДРУГОЙ клетки.
Враг не перемещается к прячущемуся персонажу, ПОКА в игре есть другие цели для перемещения."

Это значит: если все оставшиеся персонажи находятся в укрытии — они становятся "видимыми", чтобы враги могли к ним подойти.

При переходе на новую страницу сказано "Уберите из игры все оставшиеся на странице жетоны". Думаю, что Мрак попадает под это действие, и соответствующая карта местности тоже, ведь на ней не написано "враг".

В подготовку к партии входит выбор основной и неосновная миссии (квесты), заканчивается фазой колонии. Слово "партия" используется в правилах и книге приключений.

"Убрать из игры" действует на текущую партию. Если нужно убрать насовсем жетоны или карты, игра сообщит, что их нужно поместить в коробочку удалённых карт.

Книга приключений сообщит о том, что нужно удалить основную миссию. Скорее всего это произойдёт при успешном выполнении.