Игра адресуется к периоду от 3 миллионов лет назад и до настоящего времени. Каждый игрок представляет один из подвидов млекопитающих, которые первыми развили свою речь и прошли путь развития до мыслящих существ расселившихся по всей планете. Игра завершается в момент отправления их в космос.

Вы ведёте свою популяцию одновременно распространяя её по карте планеты (беря под контроль территории и ресурсы) и на так называемом "рынке мышления" (получая дополнительные действия и технологии). Рынок мышления состоит из карт идей связанных с эволюцией человечества, в которые вы вкладываетесь. Механизм игры построен на событиях, которые происходят в определённые моменты истории и после определённого количества событий, или когда некто высаживается на Луну, если это просходит ранее, игра заканчивается. Победитель определяется по уровню прогресса популяции каждого игрока.

Bios Origins является третьей частью Трилогии Bios. Завершающее положение партии может быть перенесено в начало следующей игры Трилогии. Играя Bios Genesis - Bios Megafauna и Bios Origins вы можете сыграть эволюцию Жизни начиная с 4 миллионов лет назад и до начала освоения космоса. Bios Origins (также как и две другие игры этой серии) также может быть сыграна как независимая, полноценная игра. Владение другими играми серии необязательно.

В комплект игры входит двусторонняя карта планеты. Оборотная сторона используется для формирования уникальной карты, которая выкладывается из входящих в комплект игры гексов местности,  на основе результата завершённой партии в игру BIOS: Megafauna.