Персонажи не участвующие в приключении не прокачиваются. Новые персонажи добавляются в игру, как персонажи 1-го уровня. Сложность сценария рассчитывается, как средний уровень персонажей в отряде, деленный на 2, с округлением вверх. Это выравнивает сложность, если в отряде есть персонаж высокого уровня и низкого.
Как организована смена: убираешь персонажа в коробку, берешь нового персонажа 1-го уровня.

Прошли все сценарии за двух персонажей, менять или добавлять новых желания не возникло.

Что вам непонятно во фразе: "У вас есть два варианта:
◆ Взять один из этих жетонов себе, а второй
поместить в зону общих навыков..
◆ Взять жетон ДРУГОГО игрока из зоны общих
навыков...".
У вас два варианта, не нужно придумывать третий. Причём пишут ДРУГОГО игрока, как это трактовать иначе я не понимаю. Предполагаю, что вы невнимательно правила прочитали при копировании текста.

При следующей возможности вы заново открываете два жетона навыков из своей стопки и выбираете один из них, либо берёте жетон ДРУГОГО игрока из зоны общих жетонов.

Смотри стр. 11, раздел "конец хода", пункт 6b

Нет, по правилам берёте две колоды на выбор или рандомно, смешиваете в одну, тем самым формируя колоду рынка.
Чисто в теории, в рамках хоумрула, можно карты и понадергать, но за баланс в таком случае говорить не стоит.