Во время правления императора Яо жители древнего Китая постоянно страдали от смертоносных наводнений реки Хуанхэ. Стремясь положить конец разрушениям, Яо призвал одного из своих придворных, Гуня. Гунь попробовал использовать плотины, чтобы сдерживать потоки. Но это помогло всего на девять лет. После его смерти Юй унаследовал работу своего отца. Юй решил построить серию каналов, чтобы направить бурную реку в близлежащие поля и более мелкие водотоки. За тринадцать лет ему удалось справится с потопом и впоследствии стать императором.

Legacy of Yu — нелинейная одиночная кампания с возможностью ее полной перезагрузки. Игрок вступает здесь в роли легендарного героя династии Ся, Юя Великого, задача которого строить каналы перед надвигающимся наводнением, а также защищать свою растущую деревню от соседних племен варваров. С каждым прохождением будут появляться новые истории и добавляться новые элементы игрового процесса. Кампания заканчится, после семи выигранных или проигранных игр.