«Случайные мутации» - самостоятельная игра серии (90 карт), с принципиально новыми правилами и обновлённым оформлением. Теперь игрок начинает партию, располагая тремя животными. Рука игрока уступила место персональной колоде, откуда он получает карты, которые могут стать новыми животными или их свойствами. Поскольку карты разыгрываются в закрытую, животные игрока обладают непредсказуемым и случайным набором свойств. Кубики, кроме количества еды на раунд, также задают количество убежищ, позволяющих скрываться от хищников, и количество паразитов, которые заражают животных (если их количество в популяции велико, животных определённых видов — а понятие биологического вида введено в игру — ждёт вымирание). Хищники в новой версии игры делятся на обычных и облигатных. Вторые могут выжить, только охотясь на других животных.

Дмитрий Кнорре ещё с момента первого издания базового комплекта «Эволюции» был обеспокоен тем, что игра не является научной моделью эволюционного процесса в полной мере, поскольку игроки сами создают животных и сами решают, какими свойствами их наделить. Эволюция же — процесс случайных изменений, мутаций, которые могут быть не только позитивными, но и негативными. В результате естественного отбора сохраняются положительные мутации, но в природе именно фактор случайности приводит к возникновению новых видов и развитию организмов. В результате размышлений, как сделать игру научно непротиворечивой и сохранить её высокую реиграбельность, и появился набор «Эволюция. Случайные мутации».

В продаже с конца 2013 года.