Millennium Blades - это симулятор коллекционной карточной игры, в котором игрокам предстоит покупать бустеры, собирать коллекции карт, конструировать колоды, торговать с другими игроками и участвовать в турнирах.

Рубашка любой карты оформлена под бустер определенного сета (которых в игре 38), а лицевая сторона карты это сингл (отдельная ценная карта), дэкбокс (коробочка карт, олицетворяющая собой набор дешевых карт, объединенных общей тематикой) или аксессуар (коврик, протекторы и тп.). Каждый сингл имеет принадлежности к одному из шести типов карт и к одному из шести элементов. 

Для игры выбираются несколько сетов, замешиваются в общую колоду магазина и верхними картами заполняется планшет магазина. Каждый игрок получает уникальную стартовую колоду и некоторое количество случайных бустеров из магазина.

Целью игры является набрать наибольшее число победных очков по итогам трех раундов. Каждый раунд состоит из двух фаз: дэкбилдинга и турнира. В фазе дэкбилдинга игроки в реальном времени в течении 20 минут составляют колоду и, по желанию, коллекцию карт, объединенных общим типом или элементом. Через равные промежутки времени игроки бесплатно получают дополнительные бустеры из магазина и узнают тип и элемент, которые будут давать колодам их содержащим дополнительное преимущество по ходу турнира (метагейм). В течении этой фазы игроки вольны распоряжаться своими картами и деньгами как угодно, соблюдая небольшой набор правил. Карты коллекции в конце фазы удаляются из игры, принося владельцу победные очки в соответствии с размером коллекции.

К фазе турнира у игрока должна быть собрана колода (на самом деле рука) из 8 синглов, 1 дэкбокса и (опционально) 1-2 аксессуаров. По ходу турнира игроки зарабатывают очки репутации и по резултатам получают победные очки. Игроки начинают турнир с дэкбоксами и аксессуарами в игре и, поочередно, совершая ходы, должны заполнить картами все слоты на своем турнирном планшете. 

В конце игры, накопленные деньги так же приносят победные очки, так что хороший бизнесмен, не выигравший ни одного турнира, вполне может обыграть игрока, тратившего слишком много денег на свои колоды.

В игре большое внимание уделяется ошибкам и настоятельно рекомендуется не разрешать их исправлять, что бы еще лучше передать дух соревновательной ККИ.

В Millennium Blades (как и в большинстве игр LVL99games) есть несколько дополнительных режимов, меняющих игру в зависимости от потребностей игроков: дуэльный режим для двух игроков убирает из игры экономику и систему победных очков - побеждает тот кто первый выиграет два турнира; пошаговый режим, в котором все действия во время фазы дэкбилдинга совершаются поочередно, как в классической настолке; режим с картами персонажей, в котором каждому игроку дается протогонист, имеющий специальные способности во время дэкбилдинга и во время турнира; режим с драфтом начальных карточек; режим ликвидации, в котором игроки обязаны продавать свои колоды после каждого турнира и тд.