Codex — это колодостроительная (но не коллекционная) карточная игра, вдохновленная компьютерными стратегиями в реальном времени (RTS). Цель игры - уничтожить базу противника, атакуя её своей армией и героями. Перед игрой в Codex вам необходимо выбрать команду из 3 героев и стартовую колоду. Всего в игре есть 20 разных героев и 7 стартовых колод. 

Построение колоды игроки осуществляют во время партии: изначально в колоде лишь 10 карт, и каждый ход игроки вкладывают по 2 новых карты в свою колоду из своего альбома-"кодекса". 
Именно от вашей команды героев зависит, какие карты будут лежать у вас в кодексе и ждать своего часа поучаствовать в колоде. У каждого героя есть 12 разных карт, которые он привносит в ваш кодекс, по 2 копии каждой. Оппонент знает, какие карты у вас есть в альбоме в начале игры, поскольку видит вашу команду. Но он не знает, какие вы вложили из альбома в колоду, поскольку это вы делаете взакрытую. 
Вы можете вкладывать совершенно любые карты из альбома в колоду, но розыгрыш самых сильных карт требует выполнения дополнительных условий - построенных техзданий-заводов или живых героев. 

Игра полностью асинхронная. Это значит, что, пока ваш оппонент ходит, вы не можете прервать его ход никак и вам не нужно принимать никаких решений. Благодаря этому игра очень сильно ускоряется, нисколько не теряя в взаимодействии. В основе боевой системы лежит классическая механика ККИ: герои и юниты имеют атаку и здоровье и наносят урон друг другу в драке. Атакующий выбирает, кто с кем дерётся, но он ограничен порядком, который задан защищающимся игроком, расставившим своих бойцов в «зону патруля» в конце своего хода. Пока патрульные живы, нельзя атаковать никого другого. В игре есть один ресурс - золото, которое тратится на розыгрыш карт и способностей. Игроки получают золото пассивно каждый ход по числу своих рабочих. Рабочих изначально мало, но можно нанимать новых - по одному в ход - выбрасывая карты из руки.